====== リリースノート ====== ==== セルイラストレータ５．０における新機能 ==== * **洗練されたGUIインターフェース** \\ セルイラストレータ5.0ではGUIインタフェース全体を見直して新たに再実装・機能追加を行っています。ドッキングフレームワーク、ダブルクリックによる最大化などによりより狭いディスプレイでも簡単にモデルを編集できるようになっています。また、内部データ構造を見直すことで、利用するメモリの効率化、またより高速な読み込みと描画を行えるようになりました。 * **カスタムCSMLDB作成機能 ** \\ セルイラストレータ4.0では、CSMLDBの検索機能はありましたが、用意されたデータベースのみを検索する機能でした。セルイラストレータ5.0では、キャンバス上で作成したパスウェイモデルをデータベースとして登録、管理できるようになりました。この機能により、独自のパスウェイデータベースを作成、共有することができます。また、複数のモデルを１つのデータベースに登録することで大規模な独自のデータベースを作成することができます。 * **CSML 3.0 フォーマットのフルサポート** \\ セルイラストレータ 4.0 のデータフォマットは CSML 3.0 でしたが、CSML 3.0の一部の機能しか利用していませんでした。セルイラストレータ 5.0ではそのすべての機能を利用することができます。たとえば、Entityのタイプに応じでより詳細な生物情報を設定することができるようになりました。具体的には、smallMoleculeを指定すると、化学構造式を指定することができます。 * **サブグラフのサポート** \\ 前述のCSML 3.0のフルサポートにより、１つのCSMLファイルで複数のサブネットワークを保存することができるようになりました。たとえば、代謝経路、シグナル伝達経路の２つからなるモデルの場合、代謝経路、シグナル伝達経路それぞれを異なるサブネットワークとして同一のファイルに保存することができます。さらに、これらのサブネットワークはシミュレーション時には１つのモデルとして統一して実行することができます。これにより、より大規模なネットワークをさまざまなフォーカスから解析することができるようになりました。また、各サブネットワークはキャンバス上では複数のタブとしてスマートに管理されています。なお、異なるサブグラフ間で同じエレメントを異なるオブジェクトで表示することができます。 * **パスウェイモードと遺伝子ネットワークモードの統合** \\ 前述のCSML 3.0のフルサポートにより、セルイラストレータ4.0までは２つのモード（パスウェイモードと遺伝子ネットワークモード）で扱っていたパスウェイモデルを１つの統合されたモデルとして扱うことができるようになりました。この機能により、シミュレーションにはかかわらないが、生物学的に重要な要素間の関係などを１つのモデルで包括的に扱えるようになりました。 * **複数のスクリプト言語のサポート** \\ セルイラストレータ4.0まではスクリプト言語として、pnutsを採用していました。セルイラストレータ5.0ではより汎用的なスクリプト言語をサポートするフレームワークに改良されました。これにより、javascript, jython, java, pnutsをサポートするとともに、これらのスクリプト言語を1つのモデルないで混在して利用することができるようになりました。この機能により、各ユーザが慣れ親しんだスクリプト言語を用いて高度なパスウェイモデルを作成することができるようになりました。 * **より高度なパスウェイレイアウト機能の追加** \\ セルイラストレータ5.0では研究によって開発された、より高度なグリッドレイアウトを適用することができるようになりました。さらに、重なっているエッジを自動的に判別して折り曲げるレイアウトが追加されました。 最新版のリリース情報を{{:cireleasenotes.pdf|ダウンロード}}する (PDF、60KB、英語)\\ \\ \\ ==== セルイラストレータ４．０における新機能 ==== * **セルイラストレータ (CI) オンライン サーバ** \\ セルイラストレータ 4.0 は Java Web Start を採用することで、インターネットを経由した、 web サイトからの直接起動ができる「セルイラストレータ オンライン」になりました。ネットワーク上にセルイラストレータ オンライン サーバが設置されたことで、セルイラストレータのワークベンチから使用することができる様々なオンラインサービスを提供します。セルイラストレータ オンライン サイト: http://cio.bioillustrator.com/cifileserver/apps/usersman/main または http://cionline.hgc.jp * **CI プロジェクトマネージャ (Project Manager)** \\ CI プロジェクトマネージャ は、作成した CSML モデル (パスウェイ) や関連するあらゆるデータファイルをオンラインに保存するための機能です。保存したオンライン上のデータは、どこから起動したセルイラストレータオンラインからも参照することが可能です。また、アクセスコントロールによって組織内での共有しながらのモデル作成や配布などができます。オンラインディレクトリには、既存のモデルのライブラリーも用意されています。 * **CSMLDB 検索 (CSMLDB Search)** \\ CSMLDB 検索ダイアログは、CSMLDB データベースに接続する機能を提供します。 CSMLDB データベースは任意の場所に接続できますが、プリセットのパスウェイ CSMLDB も利用できます。 CSMLDB データベースから分子 (エンティティ) や 反応 (プロセス) を検索し、セルイラストレータのキャンバスにインポートしながらのモデル作成は、簡便で迅速でありながら、系統だった再利用性の高いモデルの完成となるでことしょう。 * **CSML 3.0 フォーマットのサポート** \\ セルイラストレータ 4.0 のデータフォマットは CSML 3.0 になりました。 CSML 3.0 では、より強力な生物的パラメータを扱うことができます。詳しくは、 www.csml.org ウェブサイト (英文) をご覧ください。 * **SECG - 新しいシミュレーションエンジン** \\ SECG (Simulation Engine Code Generator) は、より高速なシミュレーションまたはより大規模なモデルのシミュレーションを実現した新しいシミュレーションエンジンです。一つのシミュレーションモデルに対して複数のパラメータでの連続的なシミューレションを行うことで、最適なパラメータの調整ができます。 また SECG は、セルイラストレータのシミュレーションモデルから実行可能なプログラム言語に変換することができます。これによって、コンピュータプログラムにシミュレーションモデルを組み込むなどの専門的な利用が可能です。 * **CSO インポート/エクスポート** \\ CSMLと Cell System Ontology (CSO) 間の相互入出力を行えるようになりました。この新機能を用いることで、 CSML で表現できるすべての情報を CSO 3.0 形式で扱うことができます。CSO 3.0 は、セマンティック Web 言語である OWL・RDF 言語をもちいて表現されており、よりオントロジー系の解析などをシームレスに行うことができます。 * **BioPAX インポート** \\ 生体内パスウェイをオントロジー言語を用いて表現し、簡単に情報をやりとりするために標準化を目的として開発されている BioPAX level 2 で作成されたモデルをインポートできるようになりました。 ==== セルイラストレータ 3.0 における新機能 ==== /* * **パスウェイの表示** セルイラストレータは、代謝系・シグナル伝達系・遺伝子ネットワークなど、あらゆるパスウェイの表示が可能です。さらに KEGG データベースのパスウェイを読み込み表示することが可能です。 */ * **ベクター形式で作成されたアイコン** セルイラストレータはパスウェイを描くために必要な、350 種以上のシンボル (アイコン) を標準で備えています。 ベクター形式 (SVG) の採用により、これらのアイコンは品質を劣化させることなく拡大・縮小が可能になりました。さらに、SVG 編集用の専用ソフトウェアを同梱し、オリジナルアイコンを作成することもできます。また、SVG の他 TIFF・JPG・PNG・GIF などをインポートして利用することができます。 * **直感的な操作によるパスウェイの作成** アイコンのドラッグアンドドロップにより、あたかも絵を描く気軽さで、パスウェイのこまやかな情報整理ができます。高品質なアイコンにより、魅力的なグラフィックを備えたパスウェイモデル制作の効率を飛躍的に高めます。これらのアイコンには、パスウェイのために最適化した世界標準オントロジータームが対応しています。意識することなくオントロジーに基づいたパスウェイナレッジベースを作成でき、再利用・高度知識処理など、その価値を限りなく高めることができます。 /* * **Library of SVG graphical elements** \\ The library of Biological Elements has been extended with SVG images representing biological entities, processes and cellular components. The library consists of: about 40 images for biological entities, more than 250 images for biological processes and about 70 images for cell components. Each image corresponds to one Gene Ontology (or Cell System Ontology) term. Each image can be edited in the SVG editor included in Cell Illustrator. */ * **外部データベースとの連携** パスウェイに現われる遺伝子などの個々のエレメントに PubMed ID・Gene Ontology(GO) ID・UniProt ID・EntrezGene ID・MIM ID・UCSC ID・Ensembl ID・KEGG Gene ID・RefSeq ID・Compound ID を関連付けることで、パーソナルなデータベースを構築することができ、開発と利用を加速できます。 /* * **External References** \\ Since the version 3.0, Cell Illustrator offers an extensive support for external references to public databases, Gene or Cell Ontology terms, etc. These references can be defined in the new Biological tab of the Element Setting dialog box, as well as in the redesigned External References dialog box. Also, URL Templates can be defined to access public databases. The URLs of the external references can be opened in the web browser. */ /* * **マイクロアレイデータに対応** 主要なマイクロアレイのプローブ ID (Affymetrix, CodeLinkなど) を、パスウェイ上にマッピングできます。また、ネットワークの比較、リーチャビリティー探索、Partial Residual Plot、などの遺伝子ネットワーク解析に必要不可欠な機能を搭載することで、効率的なパスウェイ解析と新たな発見を強力にサポートします。 */ * **遺伝子ネットワークモード** 今回新しく追加された遺伝子ネットワークモードにより遺伝子ネットワークの解析の本格的な解析が可能になりました。 ネットワークの比較、リーチャビリティー探索、Partial Residual Plot、などの遺伝子ネットワーク解析に必要不可欠な機能が搭載することで、効率的なパスウェイ解析と新たな発見を強力にサポートします。 /* * **Gene Network View** \\ The added Gene Network Mode enables the user to view and explore gene relationships networks. This mode offers a special visualization style and tools for the analysis of gene relationship networks, such as Pathway Search, Sub-network Extraction and Network Merge. */ /* * **軽快なパスウェイシミュレーション** Cell Illustrator (CI) は作成したパスウェイを Petri net (ペトリネット) を基に独自に開発したアーキテクチャにより、シミュレーションをすることができます。CI 上で知識整理したパスウェイは、そのままパソコン上で動的な振る舞いを観察・検証できます。たとえば、疾患の原因の候補となる遺伝子のパスウェイを CI 上で作成し、シミュレーションをすることで、創薬のターゲットの探索や作用メカニズムの解析に新たな展開を生み出すでしょう。 */ * **より強化されたペトリネットエンジン** セルイラストレータではペトリネットを基に独自開発したアーキテクチャにより、作成したパスウェイのシミュレーションが行われます。今回より正確なパスウェイフローコントロールを目的としたペトリネットエンジンの強化により、連続的な流れを想定したモデルのシミュレーションが容易になりました。 /* * **Enhancements in the Petri Net simulation engine** \\ New options for a better control of the simulation flow have been added. The weak firing and firing accuracy options available in the Simulation Settings facilitate the simulation of continuous models. */ * **SBML や CellML ファイルをインポート** SBML (Systems Biology Markup Language) 、CellML (Cell Markup Language) は、システム生物学の多くのソフトウェアでサポートされているマークアップ言語です。Cell Illustrator (CI) はこれらを一挙に包括する Cell System Markup Language (CSML) を採用しています。したがって他形式で作成されたパスウェイのネットワーク情報をすべて保持したまままるごとインポートすることができ、世界中のパスウェイ情報を CI ひとつで利用可能にします。これにより生産性を飛躍的に向上させ、容易に一貫性を維持することができます。 /* * **Import of SBML/CellML files** \\ New input filters allow importing models stored in the widely used CellML and SBML formats. The imported SBML/CellML models are converted to Cell Illustrator models and can be edited, analyzed, simulated or saved as any other Cell Illustrator model. This function converts SBML/CellML models, which use differential equations for representing relationships between entities, to CI models, which use the Petri Net formalism used in CI. */ /* * **パスウェイとシミュレーションの配布** セルイラストレータを用いると、パスウェイモデルとシミュレーション結果をパッケージ化して配布できます。このパッケージを無償ライセンスのセルイラストレータプレーヤ (※) で読み込むことで、パスウェイの表示とシミュレーション結果の再生が可能です。セルイラストレータプレーヤさえあれば、世界中のあらゆる人がパスウェイとシミュレーションについての意見交換に参加でき、出版やコラボレーションワークを促進します。(※ セルイラストレータプレーヤはすべてのラインアップに付属) */ /* * **シミュレーション結果の保存** セルイラストレータで実行したシミュレーションの結果は、CSV ファイルで保存することができます。標準の表計算ソフトにより保存した CSV ファイルを読み込むことで、グラフ作成などが 可能です。 */ * **より便利に、より分かりやすいシミュレーションチャート** チャートダイアログボックスの刷新を図ることで、より高機能なシミュレーションが可能になり、さらにシミュレーション結果がより見やすいものになりました。 /* \\ Charts dialog boxes have been enhanced for * **Improved Charts** \\ Charts dialog boxes have been enhanced for improved viewing, analysis and control of simulation results. */ ==== セルイラストレータ 2.0 における新機能 ==== * **New kinetic styles for easier simulation of biological processes** \\ With the new kinetic styles of a process: mass, stochastic mass and connector rate you can build models more easily and define the kinetics of chemical reactions and biological processes. You just need to define reaction parameters such as stoichiometry, rate, mass coefficients and the process speed will be automatically calculated. Additionally, you can introduce random perturbations using the stochastic mass function, which allows for modeling reactions and processes of stochastic nature. * **The Element Settings and Element Lists dialogs have been improved** \\ The Element Settings and Element Lists dialogs have been redesigned to simplify model building and analysis. For all process types, you can now view and set all process kinetic properties in one place; the Process Sheet. * **New graph layout algorithms** \\ Using the Graph Layout dialog, you can "beautify" the layout of the model elements on the active canvas. This option can be especially useful when importing models from the BioPACS database or converting models from other formats. * **Support for SVG files** \\ Scalable Vector Graphics (SVG) files can be added to the models as any other image files (PNG, JPEG). An editor of SVG files has been included into Cell Illustrator. All image files, in the PNG, JPEG and now also SVG format can be saved internally or externally in the Cell Illustrator models (CSML files). * **The simulation can be executed at a remote Cell Illustrator Server** \\ Large, time-consuming simulations can now be executed at a remote server, outside of the Cell Illustrator workspace. For this, Cell Illustrator Server, a new companion product of Cell Illustrator needs to be installed at the simulation server. One server can be accessed by multiple users of the Cell Illustrator desktop package, and the other way around: you can connect to more than one CI Server from your desktop. After the simulation is submitted to a remote server you can continue to work with Cell Illustrator or other software without any loss of performance since the simulation does not take the CPU time of your workstation. The simulation results are returned by the server in the form of a CI log file, and can be viewed and analyzed in the CI Player application. \\ This solution is recommended for laboratories with a larger number of CI users. * **Use Cell Illustrator as a front-end to your own simulation program** \\ The advanced user of Cell Illustrator who would like it to run his own simulation program from CI Workspace can do so by replacing the default engine component at the Cell Illustrator Server with his program. The user-created engine must read an input model and write a log file in the Cell System Markup Language (CSML) which is the native format of Cell Illustrator files. * **Integrate the command line Cell Illustrator simulation engine into your modeling environment** \\ Cell Illustrator can be used to run simulations in the command line mode. This simulation engine works with Cell System Markup Language (CSML) input/output and can be called from user scripts or integrated with a custom GUI. Alternatively, you can utilize Cell Illustrator Server web service in your modeling environment. * **The maximum memory for Cell Illustrator can be customized** \\ The new auxiliary program (CIMemoryConfiguration) allows you to customize the maximum memory for both Cell Illustrator applications: CI and CI Player. \\ ==== セルイラストレータ 1.6 における新機能 ==== * The results of each simulation can be logged and saved into CI log files (CILs). The CIL files can be viewed and analyzed in the **Cell Illustrator Player** program. \\ With Cell Illustrator Player, you can: * deterministically replay a simulation run, even if the original simulation was of stochastic nature * display logged entity values and process states in the model view in the canvas * visualize entity value changes over time in a chart * quickly move forward and backward to a specific part of a simulation log * replay a simulation run in a step mode for debugging purposes * compare results of several simulation runs * The new **Simulation History** dialog allows you to view and manage all the simulation log files (CILs) for your model * The set of predefined elements in the **Biological Elements** dialog box has been expanded \\ ==== セルイラストレータ 1.5 における新機能（2004 年 8 月）==== * Enhanced implementation of hybrid Petri nets for bio-pathway modelling. The Cell Illustrator modeling features have been refined in the version CI 1.5; The parameters of discrete and continuous elements are unified now. Also, default parameter settings have been improved to make model creation easier for novice modelers. * Faster and more accurate simulation engine. In Cell Illustrator 1.0, the minimum sampling interval was 0.001[pt]. In Cell Illustrator 1.5, the minimum sampling interval is 0.000001[pt]. Cell Illustrator 1.5 can realize 1000 times more accurate simulations and 10 times faster simulation than CI1.0. * Improved GUI for model editing * Added set of predefined Biological Elements